Le Ministère est directement engagé dans le transport maritime. Ses principales actions visent, d’une part, à favoriser le développement du système de transport maritime dans une perspective de compétitivité, d’intégration modale, de mise en valeur du Saint Laurent et de développement durable et, d’autre part, à contribuer à la mobilité des personnes et des marchandises, notamment par le soutien à des services de traversier efficaces.
Intégration modale
Pour réaliser ces objectifs, le Ministère a mis sur pied un programme d'aide financière : le Programme d'aide à l’intégration modale, un moyen d'action concret qui s’inscrit dans le cadre de la Politique de transport maritime et fluvial rendue publique par le gouvernement du Québec, le 21 août 2001.
Par ailleurs, conformément au Plan d’action sur les changements climatiques adopté en 2006 par le gouvernement du Québec, le Fonds vert a été créé, alimenté à partir d’une redevance perçue auprès des distributeurs de pétrole et de gaz. Le ministère des Transports du Québec est responsable de l’application de l’action 8 prévue dans le plan et intitulé « Favoriser l’implantation de projets intermodaux pour le transport maritime et ferroviaire ». C’est ainsi que le gouvernement du Québec a adopté le Programme d’aide visant la réduction ou l’évitement des émissions de gaz à effet de serre par l’implantation de projets intermodaux dans le transport maritime et ferroviaire. Ce programme est doté d’une enveloppe de 60 millions de dollars pour la période 2006-2012, soit des subventions de 10 millions de dollars par année, pendant 6 ans, pour la mise en œuvre de cette action.
En outre, le gouvernement du Québec offre des avantages fiscaux aux personnes travaillant dans le secteur maritime, notamment un congé fiscal accordé aux marins qui résident au Québec et qui sont affectés au transport international de marchandises. Cette aide fiscale administrée par le ministère des Transports du Québec en collaboration avec Revenu Québec vise à stimuler l’industrie maritime et à accroître sa compétitivité sur les marchés internationaux.