Le Ministère favorise une meilleure utilisation du système de transport du Québec, en particulier pour le transport des marchandises, dans un souci de compétitivité, de sécurité, de réduction des coûts du réseau routier et de développement durable.

Pour réaliser ces objectifs, le Ministère a mis sur pied différents programmes d’aide financière :

• Le Programme d’aide à l’intégration modale (PAIM), qui a pris fin le 31 mars 2011 visait une meilleure intégration des modes à l’intérieur du système de transport québécois. Ce programme favorisait l’implantation de projets intermodaux permettant le maintien des infrastructures ferroviaires et maritimes ainsi que leur complémentarité avec le mode routier.
• Le Programme d'aide à l'amélioration de l'efficacité énergétique dans le transport routier, ferroviaire et maritime (PEET). Ce programme vise à soutenir les entreprises et les organismes de transport ferroviaire et maritime dans leurs efforts d'améliorer leur efficacité énergétique et de réduire les émissions de gaz à effet de serre (GES).
• Le Programme d'aide visant la réduction ou l'évitement des émissions de gaz à effet de serre (PAREGES) par l'implantation de projets intermodaux dans le transport maritime et ferroviaire.
• L'entretien et l'amélioration des passages à niveau.